Tuxcueca ya existía como poblado antes de la conquista, fue fundado por tribus chichimecas que fueron de las primeras en peregrinar y se establecieron en la margen derecha del arroyo de las Carretas. Algunos años antes de la conquista esta región fue invadida y gobernada por el rey de los tarascos Tangaxoantzíntzicha para posesionarse de las codiciadas playas salitrosas de Zacoalco y Sayula, y que a fines del siglo XV y principios del XVI dio origen a la Guerra del Salitre que fue organizada por el rey de Colima.

En el año de 1524 pasó por aquí el capitán español Alonso de Ayala, que había sido enviado por Hernán Cortés a la campaña de Occidente, donde tuvo éxito cuando otros habían fracasado, Tuxcueca fue fundada en el año de 1560, unos años después que Chapala, pero antes que Tizapán. Los españoles después de la conquista trasladaron el pueblo dos kilómetros al poniente del sitio original.

Ramón Corona era un pacífico comerciante en Tuxcueca cuando se aisló en las tropas que comandaba en Occidente Juan Álvarez. Estuvo a las órdenes de López Uraga, pero al sospechar la defección de éste, que poco después se unió a los conservadores, se vio precisado a escapar y sortear persistentes persecuciones hasta llegar a Sinaloa, entidad que conoció alguna de sus principales hazañas. Estuvo, por lo demás, en el sitio de Querétaro con 9,000 hombres. Al triunfo de la República se enfrentó al "Tigre de Alica" Manuel Lozada, en La Mojonera, desempeñando luego el puesto de Embajador Plenipotenciario en España y Portugal. En enero de 1873 se pronunciaron Lozada y sus Insurgentes, siendo Corona uno de los primeros en enterarse. A la sazón, aquel no reconocía supremacía alguna a Sebastián Lerdo de Tejada, presidente de la República, y sin embargo envió una comisión para que le informara que el orden y la tranquilidad en Nayarit habían quedado restablecidos, reclamándole a la vez los terrenos propiedad de los aborígenes que, sostenía, les habían sido usurpados.

A partir del 17 de enero de 1873, Lozada comenzó a invadir el territorio de Jalisco, cayendo en su poder la plaza de Tequila el 24 del mismo mes. El 25 el congreso concedió amplísimas facultades de gobernador, ordenando éste que se formara un cuerpo de guardia municipal que a los 3 días contaba con más de 800 hombres que quedó a las órdenes del jefe político Jesús Cervantes. Se organizó la Guardia Mutua, que estuvo integrada por comerciantes, disolviéndose de inmediato al no querer ajustarse a las disposiciones militares. La misma tarde del 25 arribaron los batallones 1° y 21°, instando el Gral. Corona al Ministerio de la guerra para que le permitiera salir al encuentro del enemigo, lo que le fue negado y replicó que estaba a salvo de toda responsabilidad si no se le permitía ponerse al frente de sus tropas. Hechos los preparativos, salió Corona el día 27 a las 14:30 con 2,241 hombres y 6 piezas de artillería. Al despuntar el día 29, La Mojonera había sido desalojada de enemigos después de feroz batalla, Lozada había sido herido levemente de un brazo y se retiró con el resto su ejército. Victorioso, el Gral. Corona regresó a la ciudad, a la que penetró a las 15:30.

Ramón Corona Madrigal nació en una ranchería próxima al poblado, llamada Purugua. Después de 12 años de ser embajador regresó al país. A su regreso del extranjero sintió deseos y gestionó que este lugar fuera cabecera, convirtiéndose así en municipalidad, siendo gobernador general Francisco Tolentino. Ramón Corona fue electo gobernador de Jalisco, cargo en el que murió asesinado por Primitivo Ron el 10 de noviembre de 1889.

Desde 1825 perteneció al 4° cantón de Sayula y al departamento de Zacoalco de Torres hasta 1896 en que se segrega de éste y se agrega al 17° cantón de Chapala. El 20 de abril de 1886 por decreto número 184 se erige en municipio.